L' Istituto di Fotonica e Nanotecnologie (IFN) appartenente al "Consiglio Nazionale delle Ricerche" (CNR) ha sede a Milano presso il Dipartimento di Fisica del Politecnico di Milano e ha quattro Sezioni territoriali distaccate a Roma, all'Università di Bari, all'Università di Padova e presso la Fondazione Bruno Kessler di Trento. L’attività di ricerca comprende sia studi di base sia di progettazione, fabbricazione e caratterizzazione di dispositivi fotonici avanzati.
Presso il Polo di Como è attivo il Centro Interuniversitario L-NESS (Laboratorio per Nanostrutture Epitassiali su Silicio e per Spintronica) istituito con l’Università degli Studi Milano-Bicocca attraverso anche contributi della Regione Lombardia e della Fondazione Cariplo. Le attività di LNESS riguardano la crescita e la caratterizzazione di materiali nanostrutturati per dispositivi dedicati alle nuove tecnologie della microelettronica, della fotonica e della spintronica nonché lo studio dei difetti reticolari nello sviluppo di nanostrutture auto-organizzate.
Presso Politecnico di Milano, il MIUR ha costituito il Centro di Eccellenza per l’Ingegneria dei Materiali e delle Superfici Nanostrutturati (NEMAS). All'iniziativa partecipano ricercatori di quattro Dipartimenti: Chimica, Elettronica, Fisica e Ingegneria Nucleare. NEMAS ha come obiettivo la maggiore integrazione funzionale di tutte le competenze disciplinari necessarie per affrontare la tematica delle nanotecnologie, settore che richiede competenze ibride e integrate.
Il CNISM (Consorzio Nazionale Interuniversitario per le Scienze Fisiche della Materia) è un consorzio non a scopo di lucro attualmente composto da 39 Università e al quale afferiscono circa 1300 ricercatori universitari attivi nel campo della Fisica della Materia. Il CNISM si propone di promuovere e coordinare le ricerche e le attività scientifiche e applicative nel campo delle Scienze Fisiche della Materia e delle tecnologie connesse tra le Università consorziate, al fine di meglio sviluppare le attività che ciascuna di esse sostiene ed ospita nell'area delle Scienze Fisiche della Materia.